П-3 выбирается из Лимбо и вместе с сознанием Близняшки погружается в подводный комплекс «Нептун», чтобы спасти человечество. Новые враги, два навыка перчатки (крюк-хлыст и огненный «Жар») и преображённые знакомые места.